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色譜柱是一種裝填有固定相用以分離混合組分的柱管。它的分離度取決于所選擇的固定相，以及色譜柱的制備和操作條件等因素。
影響氣相色譜分離度的因素有：
1、色譜長度
色譜長度與分離度通常成正比。色譜柱越長，組分之間分辯效果越好，但色譜柱越長壓降越大，而輸入的壓力是有限的。色譜柱過長會增大進出口壓力比，相反會降低分離度。通常采用的柱長2m~4m，內徑2mm，毛細管柱長度可達20m～150m，內徑為0.2mm。
2、色譜柱填料顆粒大小
填料的粒子越細，由于表面積增加，分辯效果越好，分離度就越高。但是顆粒極細時可能會增大柱壓降，也會起反作用。一般采用惰性、多孔的固體顆粒。多由硅藻土或玻璃珠制成，分析不同極性的微生物化合物，為了獲得最適的分離條件，要求有不同固定相的載體。
3、柱溫
氣體在液體中的溶解度或在固體表面的吸附程度都隨溫度增高而降低，在氣液色譜分析中，當超過一定溫度時，靜態的液體通常會從色譜柱中揮發掉，所以選擇柱溫時應考慮到樣品的沸點。一般是略低于樣品沸點的平均值。
4、載氣種類
常用的載氣有 氮氣、氫氣等。其中氫氣、氦氣的分子量較小，有利于提高分析速度，但濃度較高的介質易在其間形成擴散，影響分離度，所以在實際測量中氫氣、氦氣一般都用在介質濃度較低的區域并提高其流速，減少擴散的影響。
在測定分析時發現分離度下降，應如何處理：
（1）載氣流速設置不合理，可以通過降低載氣流速 來提高分離度；
（2）柱溫設置不當，降低柱溫，或改用程序升溫；
（3）色譜柱受污染，應清洗柱子；
（4）減少進樣量，提高進樣技術；
（5）提高氣化室溫度；
（6）減少系統的死體積，主要是色譜柱要連接到位，毛細管色譜柱要分流，選擇合適的分流比。
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