盡管聚四氟乙烯材料性能穩定，但其缺點也很明顯。

(1)聚四氟乙烯具有“冷流性”。即材料制品在長時間連續載荷作用下發生的塑性變形(蠕變)，這給它的應用帶來一定的限制。如當PTFE用作密封墊時，為密封嚴密而把螺栓擰得很緊，以致超過特定的壓縮應力時，會使墊圈產生“冷流”(蠕變)而被壓扁。這些缺點可通過加入適當的填料及改進零件結構等方法來克服。

(2)聚四氟乙烯的熔體粘度很高，在高溫下也不流動。它在熔點(327℃)以上，熔體粘度達到1 010 Pa.s，即使加熱到分解溫度也不流動，這就使它不能采用一般熱塑性塑料的成型方法，而要采用類似粉末冶金那樣的燒結方法成型。

(3)PTFE具有突出的不粘性，限制了其工業上的應用。它是的防粘材料，這種性能又使它與其他物件的表面粘合極為困難。

(4)PTFE的導熱系數低，導熱性能較差，這不僅妨礙它用作軸承材料，而且使得制造厚壁制品時不能淬火。

(5)PTFE的線膨脹系數為鋼的10~20倍，比多數塑料大，其線膨脹系數隨著溫度的變化而發生很不規律的變化。在應用PTFE時，如果對這方面性能注意不夠，很容易造成損失。

(6)在400℃以上加熱時，聚四氟乙烯的裂解速度逐漸加快，分解產物主要是四氟乙烯、全氟丙烯和八氟環丁烷。在475℃ 以上，分解產物有極少量劇毒的。注意加熱溫度不能超過400℃，且實驗室要有良好的通風系統，利于排除毒性氣體。