根據培養基的用途來區分，可分為選擇培養基、增殖培養基、鑒別培養基等。

  一、選擇培養基在培養基中加入某種物質以殺死或抑制不需要的菌種生長的培養基，稱之為選擇培養基。如鏈霉素、氯霉素等抑制原核微生物的生長；而制霉菌素、灰黃霉素等能抑制真核微生物的生長；結晶紫能抑制革蘭氏陽性細菌的生長等。

  二、增殖培養基在自然界中，不同種的微生物常生活在一起，為了分離我們所需要的微生物，在普通培養基中加入一些某種微生物特別喜歡的營養物質，以增加這種微生物的繁殖速度，逐漸淘汰其它微生物，這種培養基稱為增殖培養基，這種培養基常用于菌種篩選和選擇增菌中。在某種程度上講，增殖培養基也是一種選擇培養基。

  三、鑒別培養基在培養基中加入某種試劑或化學藥品，使難以區分的微生物經培養后呈現出明顯差別，因而有助開快速鑒別某種微生物。這樣的培養基稱之為鑒別培養基。例如用以檢查飲水和乳品中是否含有腸道致病菌的伊紅美藍培養基就是一種常用的鑒別性培養基。

  有些培養基是具有選擇和鑒別雙重作用。例如食品檢驗中常用的麥康凱培養基是一例。它含有膽鹽、乳糖和中性紅。膽鹽具有抑制腸道菌以外的細菌的作用（選擇性），乳糖和中性紅（指示劑）能幫助區別乳糖發酵腸道菌（如大腸桿菌）和不能發酵乳糖的腸道致病菌（如沙門氏菌和志賀氏菌）。

  另外，根據培養基的營養成分是否“*”，可以分為基本培養基、*培養基和補充培養基，這類術語主要是用在微生物遺傳學中。根據培養基用于的目的來區分，可以分為種子培養基和發酵培養基。還有專門用于培養病毒等寄生微生物的活組織培養基，如雞胚等；專門用于培養自養微生物的無機鹽培養基等。