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ultra液相色譜柱的預柱和保護柱是不一樣的。保護柱位置在柱前進樣閥后主要是做樣是過濾一下樣品的污染物。預柱的位置是在泵后，主要做樣是飽和流動相和過濾流動相的做樣，現在很少使用預柱。
ultra液相色譜柱的保護柱一般帶填料，相當于一根縮短了的色譜柱（一般是1-2cm長度），卡套里可更換的柱芯，柱管、篩板和填料都有。保護柱里的柱芯好像是在前面開路的掃雷部隊，流動相和樣品里如有什么損害柱子的污染物，保護柱就自己承受了下來。
ultra液相色譜柱的預柱，現在一般指的就是接在進樣器和色譜柱之前的在線過濾器。在線過濾器和保護柱的最大區別是不帶填料，只有可更換的篩板。預柱只能保護色譜柱免受顆粒物質的污染，而不能阻擋溶解在流動相中的強保留物質。
保留時間是液相色譜中一個很有用的診斷分離問題的工具。保留時間受流動相組成、溫度、pH、流速、固定相流失和柱老化等很多因素的影響，如果所有這些參數保持不變，保留時間也保持恒定。但在實際操作中，不可能對每個色譜參數進行很好的控制，如即便加了柱溫箱，溫度還是會有波動；流動相組成會因組分揮發性不同而改變。
所以保留時間有上下0.02-0.05min的變動是非常正常的，對某些方法有0.1min上下變動也屬正常。保留時間有大的變化，預示著系統和方法存在問題。流路里有氣泡存在，泵閥有泄漏，會因流量降低而導致保留時間增加。梯度混合比例閥故障也是保留時間變化原因之一。
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