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ATP熒光儀在食品行業的應用非常廣泛，可以用于食品表面微生物檢測、手衛生檢測、餐飲器具潔凈度檢測、食品加工器具、工作臺等關鍵控制點消毒結果檢測，滿足食品藥品監督部門、衛生監督部門、食品加工行業、餐飲服務行業、航空配餐、大型企業食堂、學校食堂、大型活動保障部門等食品安全涉及領域細菌和環境物體表面檢測。
ATP熒光儀通過熒光反應檢測ATP，可以間接證明微生物的存在，快速檢測醫院環境物表、水質消毒效果是否達標。與常規培養檢測法配合使用，可用ATP熒光檢測法檢測微生物污染，而用培養檢測法鑒定微生物種類及污染源。
ATP熒光檢測已成為目前醫院感染環境衛生學監測中常用的手段，如今正大力推廣這種便捷的檢測方法，實現醫院感染環境衛生學監測的簡捷化和效率化。
ATP熒光儀的使用指導：
取樣是影響準確性和一致性的關鍵之一，使用時可參照ATP熒光儀說明書采樣、檢測、計算得出結果并記錄報告。一般來說采樣分兩種情況：
1、面積類：將ATP拭子采樣棒一支在物體表面或雙手指曲面從指跟到指端來回涂擦個兩次（一只手涂擦面積約30cm2），并隨之轉動采樣拭子。
2、體積類：將ATP拭子采樣棒一支在待測液體充分浸濕。
ATP熒光儀取樣后檢測：將拭子放入手持ATP儀，獲得被測樣本與細菌污染程度相對應的ATP生物熒光值并判定衛生狀況。
目前，常用的配套拭子有表面采樣棒和水質采樣棒，食品企業可以根據需要選用不同拭子進行采樣。
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