空氣過濾器的阻力是由兩部分組成的：一是濾料的阻力，二是過濾器結構的阻力。纖維過濾器的濾料阻力是由氣流通過纖維層時迎面阻力造成的，該阻力的大小與在纖維層中流動的氣流狀態有關，一般情況下纖維層中的氣流為層流，因為纖維極細，濾速很小，故雷諾數Re也很小。根據理論計算、實驗數據的研究分析，文獻中給出了多種濾料的阻力表達公式，其中較為簡單的如下式：

式中，µ為動力黏度，Pa.s

   ν為濾料的濾速，m/s
   H為濾料的厚度，m
   α為充填率，%
   d_f為纖維的直徑，m
   m₂為與d_f有關的系數
  φ為纖維的斷面形狀系數
對于一個給定的過濾器，其濾料已經確定，則H、α、m₂、d_f、φ都是一定的，可以將公式簡寫為：

對于給定微粒，在相當的濾速范圍內，濾料阻力與濾速成正比，上式中A為結構系數，它與纖維層的結構特性有關。
下圖是中國建筑科學研究院空調研究所得出的幾種濾紙(布)的阻力與濾速關系的實驗結果。

纖維過濾器的結構阻力是氣流通過有過濾器的濾材和支撐材料構成的通路時產生的，以面風速為代表，一般達到m/s的量級，它通常比通過過濾層時的濾速要大，此時的Re較大，氣流特性已不是層流，阻力與速度不是直線關系，過濾器結構阻力Δp₂可由下式表達：

式中，B為實測的阻力系數
   u 為過濾器的面風速，m/s

   n為系數，一般由實驗得出，對于國產過濾器，n為1～2
纖維過濾器的全阻力可由下式表示：

若以濾速來表示，全阻力可由下式表示：

式中，ν為過濾器濾速，m/s
    C，m為系數

對于國產高效空氣過濾器，C值在3～10之間，m在1.1～1.36之間。下圖是對國產高效空氣過濾器實驗所得阻力曲線之一。
空氣過濾器的初阻力是指新制作的過濾器在額定風量狀態下的空氣流通阻力。空氣過濾器在某一風量下運行，其流通阻力隨著積塵量的增加而增大，下圖表示的是隨著積塵量的增加，過濾器阻力變化的趨勢，從圖中可見多數呈拋物線形。一般當積塵量達到某一數值時，阻力增加較快，這時應更換或清洗過濾器，以確保凈化空調系統的經濟運行。

新過速器阻力稱“初阻力”，對應過濾器報廢的阻力值稱“終阻力”。設計時，需要一個有代表性的阻力值，這一阻力值稱為“設計阻力”，一般方法是取初阻力與終阻力的平均值。多數情況下，過濾器的終阻力是初阻力的2～4倍。下表給出了一些建議的終阻力。過濾器達到終阻力，就需要更換過濾器，可以在每個過濾段安裝阻力檢測裝置來判斷，比如采用壓差計。