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種子發芽箱是在一定程度上滿足和提供了種子生長、微生物培養、生化反應等生物學活動所需的溫度、光照、氣體和水分條件，而其核心則是溫度控制。種子發芽箱把制冷和加熱二個系統融和在一起。
種子發芽箱采用功率較高、性能穩定的旋轉式壓縮機，確保在任何環境溫度下達到試驗所需的低溫，加熱系統則通過可控硅的控制，保證長時間的恒溫。控制系統中由于采用了精密的集成電路溫度傳感器，整機電路的高度集成化，以及實行了測溫、控溫電路的二合一，使本機在較大程度上具備了測溫精度高、純性優良、重復性好、工作穩定等優點，從而使操作調節自如。
種子發芽箱的一些運用事項如下：
1.種子發芽箱雖是采用微電腦控制技術、人工模擬自然生態環境的新型試驗設備，但箱內各層的溫度存在差異，同一層的里面和外面的溫度也存在差異，那些容積較大的培養箱內的各部位的溫度均是存在一定的差別的，在使用時應引起高度重視。
2.從測量結果來看，培養箱的最上一層溫度并不是最高的，箱體中部的溫度較高。
3.種子發芽箱箱體內實際溫度與箱體顯示溫度和設定溫度之間都存在差異，箱體內實際溫度一般都小于箱體顯示溫度和設定溫度，在實際工作中需用溫濕度記錄儀來校正。
4.樣品數量較少和做水稻發芽檢測等體積較小的實驗時，應多使用容積較小、溫度較均勻的種子發芽箱。
5.樣品數量較多和做體積較大的實驗時需用容積較大、溫度難均勻的培養箱時，應特別注意按照實驗對象對溫度的要求不同來進行合理的放置，以確保箱內的溫度都能夠滿足不同作物的需求；其次最上一層和最下一層最好不要放置樣品。若樣品數量較多且必須使用時，應定時將最上一層和最下一層的樣品與中間溫度較高區域的樣品調換，以使各區域的樣品能同步發育，在規定的初/末次計數天數內完成檢測工作。
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