液相色譜法：適于溶解后可制成溶液的樣品或有機介質溶液，不受樣品的揮發性和熱穩定性的限制，百分之七十以上的有機化合物可用液相色譜分析，特別是高沸點、大分子、揮發性差、強極性、熱穩定性差化合物的分離分析，顯示出優勢。

氣相色譜法:適應易蒸汽化、熱穩定性好、沸點低的樣品分析。但是，不適應高沸點、揮發性差、熱穩定性差、離子型和高聚物的樣品分析的色譜法的缺點主要是未知物的分析難以定性，如果沒有已知的純樣品和已知的純樣品的色譜圖，很難判斷某個色譜峰代表什么。

氣相色譜儀可直接分離的樣品揮發，熱穩定，沸點一般不超過500℃。據相關資料統計，目前已知的化合物有20%~25%可用氣相色譜儀直接分析，其馀原則可用液相色譜儀分析。也就是說，氣相色譜儀的分析對象不多。需要指出的是，雖然有些樣品不能通過氣相色譜直接分析，但通過頂空樣品和裂解樣品等特殊樣品技術，也可以通過氣相色譜間接分析。例如，高分子材料的裂解色譜是這樣的。這在一定程度上擴大了氣相色譜分析對象的范圍。另外，氣相色譜法比液相色譜更適合氣體分析。

氣相色譜法具有分離能力好、靈敏度高、分析速度快、操作方便等優點，但受技術條件的

限制，沸點過高的物質和熱穩定性差的物質難以應用氣相色譜法進行分析。一般500℃以下不易揮發或受熱易分解的物質部分可采用衍生化學法或分解法。液相色譜法，只要求試樣能制成溶液，而不需要氣化，因此不受試樣揮發性的限制。高沸點、熱穩定性差、相對分子量大(超過400)的有機物(部分物質幾乎占有機物總數的75%~80%)原則上可以用液相色譜分離、分析。據統計，在已知的化合物中，氣相色譜能夠分析約20%，而液相色譜能夠分析約70~80%。