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DNA建庫方法是分子生物學的實驗原理，其本質就是在待測片段兩端加上接頭的過程。目前DNA建庫方法按照接頭連接方式不同可分為五類：TA克隆連接接頭建庫、Swift法建庫、轉座酶法建庫、PCR擴增子建庫、平末端連接接頭建庫。
其中平末端連接接頭的方法基于Ion Torrent平臺。與Illumina平臺類似，Ion Torrent平臺的文庫構建目的也是在片段化好的DNA片段兩端加上特定接頭，該方法一般包括4個步驟：DNA樣本片段化、末端修復，連接adapter（PI和A/P1和X），選擇性回收DNA片段，文庫PCR富集，純化PCR產物。
需要注意的是：在Ion Torrent平臺構建好的文庫通過油包水PCR種到測序柱子上，文庫中的X或A接頭是測序起始端，而P1接頭是是連到測序珠子的這一端。與Illumina通過采集熒光信號記錄記錄堿基序列的方法不同，Ion Torrent的測序是通過微環境中pH值短暫的下降被pH電極檢測到并且把測得的值傳給計算機記錄。
綜上，NGS建庫可以按照接頭加入目的片段的不同分為5種，其中TA克隆連接接頭建庫法應用*泛，適用于絕大多數樣本建庫，是目前商業化建庫方式的主流；Swift法與TA克隆連接接頭法類似，操作上相對繁瑣，P5接頭和P7接頭是分兩步連接上的；
轉座酶法只需1h 40min即可完成文庫構建，可以節省大量的人力，但是在應用上只適用于cDNA和全基因組等文庫的構建，且轉座酶本身具有偏好性，對后續的測序質量會有一定的影響；
PCR擴增子建庫是捕獲建庫的一種，適用于臨床背景下靶向基因的研究，平末端連接接頭建庫適用于Ion Torrent平臺，Ion Torrent*相對較低，所以此建庫方法應用范圍相對較少。
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