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原子熒光光譜儀的應用領域非常廣泛，涉及環境檢測、衛生防疫、食品衛生檢驗、藥品檢驗、城市給排水檢驗、化妝品檢驗、土壤飼料肥料檢驗、臨床醫學樣品檢驗、農產品檢驗、地質普查、冶金樣品檢驗、教學研究等。
原子熒光光譜儀的常見故障及處理方法：
1.通訊失敗
產生原因之一是先開軟件后開儀器，由于在儀器關閉狀態下電腦軟件無法接收儀器傳輸的信號，導致出現錯誤。正確順序是先開儀器，等30s-1min后儀器穩定下來再打開軟件。
其他原因有通訊電纜接觸不良，或者儀器內部的硬件損壞等。
之前儀器出現過這樣的問題，不僅儀器無法連通，而且進樣針不停地在樣品盤和酸缸之間來回移動。后來請了工程師過來維修，檢查后說儀器里面的電路主板壞了，更換了新的主板后這個問題消失了。
2、氬氣不足
原子熒光消耗的氬氣量比較低，盡管如此，還是需要注意氬氣的剩余量和分壓，分壓壓力在0.2~0.3MPa之間。
如果氬氣剩余量不足以支持實驗用量，就要及時更換氬氣，否則在實驗過程中提示氬氣不足而中斷。還有，在測試之前要先打開氬氣瓶，貫通氣流，不然開機后測量樣品溶液，溶液會出現倒灌現象，對管路系統造成腐蝕。
3、元素燈
元素燈一定要在儀器關閉狀態下更換！
帶電拔下燈的話，容易損壞儀器內部的電路系統，造成儀器無法識別元素燈。安裝元素燈時，先將電源接好，然后把燈放置在凹槽里固定，開機后通過凹槽四周的調節旋鈕，使燈光源的光斑對準調光器的十字中心。因為十字中心對應的是原子化器的火焰芯高度，如果偏離程度較大，就無法獲得良好的測量效果。
汞燈不亮的話，用電子脈沖點火器激發點燈。
4、三通閥漏液
下圖是更換下來的舊的三通閥。
有次做實驗，發現曲線各點的熒光值很低，一檢查發現是三通閥和吸管接口處漏液了。停機后把三通閥拆下來，沒找出問題，換了吸管，把接口處固定好，發現還是漏液。聯系廠家工程師，工程師說是三通閥內部的構件出問題了，后來換了新的三通閥，漏液現象消失了。
5、注射器
左邊是舊的注射器，右邊是新的備用件。跟三通閥一樣，注射器下面也是漏液，當時把下面的蓋弄下來，找了個塑料袋，剪掉一部分后與下面的蓋一塊旋緊塞入注射器里，想著這樣可以達到密封的目的。不過事與愿違，漏液現象雖然減小了，但還是一點點漏。后來換了新注射器后問題也消失了。
6、蠕動泵和膠管
蠕動泵壓頭松緊程度適當，不要空載運行。如果不用時要松開泵管，防止將膠管擠壓變形。另外膠管(紅色圈圈)也要注意被腐蝕漏液現象。
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