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激光共聚焦顯微鏡由顯微鏡光學系統、激光光源、掃描器及檢測及處理系統4部分組成，采用相干性較好的激光作為光源，在傳統光學顯微鏡基礎上采用共軛聚焦原理和裝置，并利用計算機對圖象進行處理的一套觀察、分析和輸出系統。
顯微鏡的應用廣泛，實驗數據可靠，分析處理軟件功能豐富。在細胞及分子生物學、藥物篩選、大腦和神經科學、免疫學、形態學、食品衛生、發酵、遺傳學、藥理學等領域具有不可替代的作用。
一、細胞物理會生物化學測定：
激光共聚焦顯微鏡可進行低光探測、活細胞定量分析和重復的熒光定量分析，從而能對單細胞或細胞群的溶酶體、線粒體、內質網、細胞骨架、結構性蛋白質、DNA、RNA、酶和受體分子等細胞特異結構的含量、組份及分布進行定性、定量、定時及定位測定;同時還可測定分子擴散、膜電位、氧化-還原狀態和配體結合等生化反應變化程度。
二、圖像重建：
顯微鏡通過薄層光學切片功能，可獲得三維數據，經過計算機圖像處理及三維重建軟件，沿X、Y和Z軸或其它任意角度來觀察標本的外形及剖面，并得到三維的立體結構，從而能十分靈活、直觀地進行形態觀察，并揭示亞細胞結構的空間關系。
三、熒光的定量、定位分析：
顯微鏡可對單標記或雙標記細胞及組織標本的共聚焦熒光進行定量分析，并顯示熒光沿Z軸的強度變化;同時還可自動將熒光圖像與象差圖像重疊以顯示熒光在形態結構上的精確定位。
激光共聚焦顯微鏡還可測量標本深層的熒光分布。也適用于高靈敏度的快速熒光測定，準確地監測抗原表達、熒光原位雜交斑點及細胞結合的形態學特性，并作定量分析。
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