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當戴安離子色譜分析柱被污染時，其色譜行為與未污染色譜柱的色譜行為有些不同。受污染的色譜柱會導致背壓問題。被污染的反相柱必須經過清洗和再生才能恢復到原來的操作條件。
再生受污染的戴安離子色譜分析柱的關鍵是了解污染物的特性并找到合適的溶劑來去除它們。如果污染是由重復進樣過程中強保留物質的積累引起的，去除這些污染物的簡單步驟通常可以恢復它們的色譜行為。有時，經過多次操作，20倍體積的色譜柱可用90～100%溶劑B（雙溶劑反相系統中較強的溶劑）沖洗。例如，柱中殘留的脂質可以用非水溶劑如甲醇、乙腈和四氫呋喃處理。
一般來說，所有的清潔方法都有相似的形式。使用的溶劑隨著溶劑強度的增加而增加。通常后一種溶劑非常疏水（如乙酸乙酯甚至碳氫化合物），可用于溶解非極性物質，如脂類和油類。我們必須確保一系列溶劑中的每種溶劑都可以與下一種溶劑混合。在清潔過程結束時，需要借助中等強度和可混溶的溶劑返回到原始溶劑系統。例如，異丙醇作為中間步驟是一種非常好的溶劑，因為它可以與正己烷或二氯甲烷以及水性溶劑混溶。但異丙醇的粘度很高，必須保證低流量，以免泵壓過大。洗滌色譜柱時，洗滌液從戴安離子色譜分析柱出液端直接與廢液瓶相連，不能流經檢測槽，從而污染檢測槽。
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