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透射電鏡每做好一個樣品，首先要安置在樣品時候不會損害透射電鏡的光學性質或者讓氣體桿上，然后插入透射電鏡樣品臺才能進行抽真進入透射電鏡的真空區域。
透射電鏡樣品桿的使用：
1、觀察透射電鏡狀態，看設備是否正常運行，觀察真空值，看是否在合理范圍內。
2、更換樣品。將制備好的透射電鏡樣品放入樣品桿前端樣品槽內，將金屬壓片壓在樣品上，用專用工具擰好固定螺絲，將樣品固定牢靠。注意樣品一定要保持干凈，樣品上有膠、小顆粒等臟東西的樣品不能更換，否則會污染樣品桿，進而可能會污染透射電鏡鏡筒。微珊樣品一定要等水干透再更換樣品。將金屬壓片固定時，不可將螺絲擰的過緊，否則會造成壓片機械疲勞過大，縮短其使用壽命。
3、將樣品桿放入透射電鏡中。將樣品桿上的定位銷對準透射電鏡測角臺凹槽處，水平方向慢慢將樣品桿推入測角臺，注意一定不要使用蠻力，否則會損壞測角臺。樣品桿推入部分，等待樣品桿抽真空，綠燈亮時說明真空值符合要求，這時再等5分鐘左右，再將樣品桿推入。
4、推入時需要先后進行30°及60°轉動樣品桿的操作，在操作過程中，由于透射電鏡內部是負壓，因此不需要用手推，只需要抓住樣品桿，讓透射電鏡吸進去即可。注意整個過程應該是非常流暢的，如出現阻塞，還不是很流暢的情況，則需要注意是否桿身有磨損，兩個橡皮圈(O圈)是否有磨損，切不可用蠻力將樣品桿插入，嚴重的可能會損傷透射電鏡極靴，造成無法彌補的損失。
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