焚燒垃圾發電如果控制得當，對環境的影響可以很小。但是，若對焚燒過程和尾氣、殘渣、廢水的控制處理不當，也有可能造成二次污染，這是必須注意的。(1)垃圾焚燒后二次污染問題。垃圾在高溫下焚燒可滅菌，分解有害物質，但當工況變化，或尾氣處理前滲漏，處理中稍有不慎等都會造成二次污染。垃圾焚燒站工藝流程中煙氣凈化處理(如洗滌塔)用于去除焚燒產生的 、HCL、HF等酸性氣體，若沒有在焚燒中或煙氣中用石灰（粉或漿）加以中和，這些氣體就會直接排人大氣中，造成二次污染。例如深圳垃圾電廠，在酸性氣體去除設備尚未投入運行時，造成酸氣直接排放，污染了周圍環境。(2)水資源的污染的問題。垃圾輸送貯運和貯倉中，易發生泄漏、發酵，產生發酵廢水、濾液，其中含有一些有害雜物，若不引入污水處理，會造成水資源污染。尾氣處理的廢水、廢渣、粉塵也應慎重處理，避免水源污染。(3)殘渣與粉塵的污染問題。垃圾焚燒后的殘渣，尾氣處理的固體廢棄物，如不嚴格控制，會造成土地資源的二次污染，破壞生態環境