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菌落總數檢測儀根據大自然中螢火蟲發光原理，進行一系列數據對比，而研發的快速檢測ATP技術。也就說在普通的環境里檢測液中的蟲熒光素酶催化蟲熒光素和ATP之間發生氧化反應形成氧化熒光素并發出熒光，其光的強度與微生物數量呈比例關系，這就是檢測儀的原理。
菌落總數就是指在一定條件下每克（毫升）檢樣所生長出來的細菌菌落總數。按國家標準方法規定，即在需氧情況下，37培養48h，能在普通營養瓊脂平板上生長的細菌菌落總數，所以厭氧或微需氧菌、有特殊營養要求的以及非嗜中溫的細菌，由于現有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數并不表示實際中的所有細菌總數，菌落總數并不能區分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數、需氧菌數等。
菌落總數檢測儀是食品安全檢測中重要的一種設備。20世紀末，一些檢測儀檢測系統及技術被引入我國，到目前為止，除個別省級衛生監視檢測單位配備外，主要是在一些外資或合資企業中自行檢測運用。自我國衛生部頒發了食物加工企業HACCP實施攻略，煽動食物加工企業引入菌落檢測系統。該檢測設備用途廣泛操作簡單，準確率高，與其它評估方法相比，具有以下優勢：
1.良好的可靠性和一致性：可確定出各種有機物和/或微生物殘渣的存在。另外由于它使用液體穩定試劑，因而檢測結果準確、重復性好，為真實的潔凈程序評估提供了可靠依據。
2.實時監控：熒光素酶/熒光素/ATP反應為即時反應，讀數可以在數秒之內得到。因此可根據結果立即采取糾正措施。
3.直接和間接危險性評估：ATP檢測的是表面已有的生物物質和有生物殘留物、易滋生微生物的潛在危險區域。食物殘留區域是最易受到微生物污染或最易發生交叉污染的地方。
4.使用簡便：非專業技術人員也可輕松使用，這使得日常使用趨于簡單化。
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