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流動相就是載體,將物質帶到固定相里并通過固定相的流體。流動相可以是緩沖液與有機溶劑結合的水-有機混合物，也可以是有機-有機混合物。
開始使用流動相溶劑進行色譜分析前，一定要檢查溶劑是否*混溶，這是非常重要的，其次是要關注它們在混合時是否會相互反應，如果發生化學反應，會影響流動相的使用和色譜的正確分析。
有些色譜工作者可能會說，那我采用HPLC級溶劑可以直接使用嗎？即使是HPLC級溶劑也要在使用前進行過濾！為什么呢？主要是有些懸浮顆粒或雜質是細微米的，人的肉眼是無法觀測到的，我們不能判斷一個清澈的溶劑就一定“*干凈”。就好比我們使用自來水，也看著很干凈是不是？但是其實里面包含很多其它的不溶物質等。如果你在進行色譜分析時不將懸浮顆粒和雜質去除，會影響HPLC系統的性能。不僅如此，因為色譜柱是多孔結構，顆粒物很可能將色譜柱堵塞，背壓升高，影響流速甚至損壞泵，因為一時的圖方便而造成了色譜柱損壞就得不償失了。
說完了過濾，現在又來說脫氣。我們都知道液相色譜系統里是超高壓運作的，若流動相中所含的空氣不除去，則流動相通過色譜柱時其中的氣泡受到壓力而壓縮，流出柱子進入檢測器時因常壓而將氣泡釋放出來，會造成檢測器噪聲增大，使基線不穩，最終導致儀器不能正常工作，特別是梯度洗脫時特別明顯。
如何大程度地減少此類情況的發生呢？
流動相使用前一定要用過濾器過濾，這是非常重要的！溶劑入口過濾頭可有效濾除流動相中的固體顆粒雜質；未經過濾的溶劑或溶劑瓶中生長的微生物都會降低溶劑入口過濾頭的壽命和泵的性能，因此，需要定期清洗或更換溶劑入口濾頭。溶劑入口過濾頭由高品質316L不銹鋼制成，耐腐蝕，適用于大部分溶劑。濾頭頂端階梯式連接出口可分別于1.5mm，2.2mm，3.5mm內徑的管路連接。款式型號多種，可供選擇。
使用前新鮮準備流動相。最好每次分析前新調配流動相，不要讓流動相過夜或者長時間存放。這樣很容易滋養微生物等。
在色譜柱前添加使用保護柱進行過濾，避免色譜柱堵塞。液相色譜保護柱能將那些強保留的、不可吸附的化合物截留下來。樣品和流動相的過濾可以維護保護柱對化學污染物的吸附容量，能夠更長時間的維護柱效，保護色譜柱免受污染物的危害，在額定背壓值內和在高流速中仍保持穩定、無滲漏。
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