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蛋白質(zhì)裂解液的選擇，除了要根據(jù)其“產(chǎn)量”，還要看所選擇的一抗是否能識(shí)別經(jīng)變性的蛋白質(zhì)樣品。一般來說對(duì)于不能識(shí)別變性的蛋白質(zhì)樣品的一抗，其蛋白質(zhì)裂解液都會(huì)是不含去污劑或含有較溫和的非離子去污劑的(如：NP-40，Triton X-100)。
蛋白質(zhì)裂解液的配方有很多種，如何選擇合適的蛋白質(zhì)裂解液是做好免疫印跡的第一步。一些含有SDS(十二烷基硫酸鈉)和強(qiáng)離子去污劑(如：脫氧膽酸鈉)的蛋白質(zhì)裂解液能從組織或細(xì)胞中提取出大量的蛋白質(zhì)，然而它們卻很容易會(huì)使蛋白質(zhì)變性。這樣，對(duì)于一些只能識(shí)別非變性的抗原表位的抗體來說，那些能使蛋白質(zhì)變性的含SDS和強(qiáng)離子去污劑的蛋白質(zhì)裂解液就不能被選擇。
蛋白質(zhì)的定位與蛋白質(zhì)裂解液的選擇：
全細(xì)胞：NP-40或RIPA
細(xì)胞質(zhì)(可溶)：Tris-HCl
細(xì)胞質(zhì)(細(xì)胞骨架)：Tris-Triton
細(xì)胞膜：NP-40或RIPA
細(xì)胞核：RIPA
線粒體：RIPA
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