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腦立體定位儀被廣泛的運用于腦的損毀、刺激和腦電記錄的定位中，成為研究腦結構和功能的工具。
腦立體定位技術主要是使用腦立體定位儀作為定位儀器，利用某些顱骨外面的標志(如前囟、后囟、外耳道、眼眶、矢狀縫等)或其它參考點所規定的三度坐標系統，來確定皮層下某些神經結構的位置，以便在非直視暴露下對其進行定向的刺激、破壞、注射藥物、引導電位等研究，是神經解剖、神經生理、神經藥理和神經外科等領域內的重要研究方法。
腦立體定位儀常用的實驗動物，如大鼠、小鼠、貓等高等哺乳動物以及鳥類，其均有*的外耳道，可用(耳棒)來定位。在確定了顱外標記之后，就可按腦立體定位圖譜所提供的數據進行定位操作。
檢查腦立體定位儀*后，可進行下列校驗性操作：
1、將兩側耳桿柱旋松，在主框上前后滑動，然后再按照原規定刻度裝好，看兩側耳桿尖是否*對正。
2、取下一側耳桿，將一側電極移動架裝好，前后左右上下移動各滑尺，使裝在電極夾上的金屬定位針尖正對耳桿尖的中心，記下各滑尺的刻度讀數，再卸下移動架再裝上，并按上法測定耳桿尖的部位，記下三個滑尺的讀數，反復操作取平均數首先將放置水平的腦立體定位儀上的兩個滑道，按實驗的要求調節好合適的高度后。
3、然后再用水平尺調正好兩個滑道的前后、左右水平。這時再把安置在滑道上的手動微推進器按上面的刻度調節垂直。
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