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由于渦輪分子泵的種類和型號是多種多樣的，每種泵的操作方式由制造廠家提供，渦輪分子泵的操作簡單、便宜的方法是同時啟動渦輪分子泵和前級泵，當渦輪分子泵加速到正常轉速時，同時也預抽完了該系統，在此初始高壓強預抽階段，油蒸汽的返流是不可能的。因為這時系統內氣體處于粘滯流或層流狀態，排出氣體的密度大，可阻擋任何碳氫化合物的分子向渦輪分子泵方向返流。當達到分子流態時，渦輪分子泵已進入正常速度運轉，在泵高壓縮比的情況下運轉時，就可防止了油蒸汽的返流。
渦輪分子泵的前級泵由一個電紐開關控制，兩泵可同時啟動和停車。
在某些快速循環的系統中，也沒有足夠的時間，使渦輪分子泵在每一個循環周期內，由于時間短來不及達到正常的運轉速度。在這種情況下，就不能隨工作循環去周期性地開啟渦輪分子泵。此時渦輪分子泵就不得不連續的運轉，前級泵粗抽真空室，很快就能達到渦輪分子泵的啟動壓力，就可以很快打開主閥，渦輪分子泵可以在相對高的壓力下工作（節約了時間）也可使粗抽管道返流降到更低程度。
如果系統需要有粗抽管道，操作不當也有可能出現返流問題，若是將系統粗抽到太低的壓力，粗抽管道內就會出現分子流態。則粗抽泵的油蒸汽就有可能返流到真空室。當壓力低于100～200 μmHg（13.33～26.66Pa）時，就會出現這種返流。
當真空室粗抽適度后就關閉粗抽閥門，而粗抽泵還在繼續運轉時，粗抽管道內的壓力降低了會出現分子流狀態。碳氫化合物會出現返流，并凝結在粗抽閥蓋上或閥的密封處。當粗抽閥再打開時，這些凝結物就有可能離開閥蓋或密封處而返流向真空室一側。在下一個高真空循環周期中這些油蒸汽就會遷移到真空室內而遭到污染。
為了解決粗抽造成的返流問題，主要是在前級管道中避免分子流態的發生，以防油蒸汽返流，當前級管道中達到前級壓力時，關閉粗抽閥對粗抽管道內充氣（用一個充氣閥和一個可控漏孔），然后關閉粗抽泵。因而粗抽管道內就不可能出現分子流態，防止了返流。
使用渦輪分子泵時，通常可不用粗抽管道。如在快速循環的系統中，不設粗抽管道，可以選用那些耐大氣沖擊的渦輪分子泵。能直接從大氣壓力下對真空室進行抽真空。
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