按CO2培養箱的加熱系統來分，CO2培養箱可分為水套式二氧化碳培養箱和氣套式二氧化碳培養箱。兩種加熱系統均可靠，但是它們有著各自的優點和缺點。水套式和氣套式二氧化碳培養箱可根據箱體有無入水口和排水口來區別，例如，圖1為水套式二氧化碳培養箱，圖2為氣套式二氧化碳培養箱。
水套式二氧化碳培養箱的溫度是通過一個獨立的水套層包圍內部的箱體來維持溫度恒定的，通過電熱絲給水套內的水加熱，再通過箱內溫度傳感器來檢測溫度變化，使箱內的溫度恒定在設置溫度。由于水的比熱容很高，水套式的優點是有助于均勻散熱和避免形成冷區，以及在斷電后能夠比較好地減緩培養箱內溫度的降低。水套式因四周環水，所以溫度均勻性很好。 [3] 
氣套式二氧化碳培養箱的加熱是通過遍布箱體氣套層內的加熱器直接對內箱體進行加熱的，又叫六面直接加熱，采用隔熱系統和表面散熱元件使培養箱內溫度均衡。氣套式與水套式相比，具有加熱快，溫度的恢復比水套式培養箱迅速的特點，有利于短期培養以及需要箱門頻繁開關的培養。箱內溫度一般設定在37℃左右。此外，氣套式設計比水套式更簡單化，無需加水、清空和清洗。
使用注意事項
1. 機器應安裝在無強電磁場及輻射能量，周圍溫差變化較小的室內。為保證二氧化碳培養箱控溫精度，建議在15-25℃的環境下使用。
2. 二氧化碳培養箱未注水前不能打開電源開關，否則會損壞加熱元件。
3. 培養箱運行數月后，水箱內的水因揮發可能減少，需及時加水。
4. 二氧化碳培養箱可以做高精度恒溫培養箱使用，這時須關閉CO2控制系統。
5. 箱內濕熱環境易滋生細菌，可在1000ml水中加2ml新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內空氣，培養物酒精擦拭入箱內，減少箱內微生物滋生速度。
6. 顯示溫度超過置定溫度1℃時，超溫報警指示燈亮，并發出尖銳報警聲，這時應關閉電源30分鐘，若再打開電源（溫控）開關仍然超溫，則應關閉電源并報維修人員，并用空調降低周圍環境溫度。
7. 鋼瓶開啟前，要擰松減壓閥，防止輸氣膠管爆破。鋼瓶壓力低于0.2MPa時應更換鋼瓶。
8. 盡量減少打開玻璃門的時間。在打開二氧化碳培養箱內門時，應先關閉二氧化碳控制開關。
9. 如果二氧化碳培養箱長時間不用，關閉前清除工作室內水分，打開玻璃門通風24小時后再關閉。使用或長期不用重新使用機器時，在正式培養前應做污染檢查。
10. 搬運培養箱前排出箱體內的水。搬運前應拿出工作室內的擱板和加濕盤，防止碰撞損壞玻璃門。搬運培養箱時不能倒置，同時不要抬箱門，以免門受損。
11. 二氧化碳零點是否飄移，可通過二氧化碳氣體測試儀，從控制盤上的采樣口采到培養箱內的氣體，然后用氣體色譜儀測得二氧化碳濃度。
12. 二氧化碳培養箱應有良好的接地裝置，以保證安全。