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微生物質譜鑒定的工作原理是將微生物具有種屬特異性的核糖體蛋白建立質譜指紋數據庫，通過采集未知菌的圖譜與數據庫的譜圖進行比對，從而實現對微生物的種類鑒定，具有快、準、穩、省的優點。
目前,致病菌識別鑒定技術主要有傳統的生化方法、基于DNA的擴增、雜交方法、基于蛋白和多糖的免疫學方法,生化方法一直被認為是鑒定菌株的金標準,但是任何一株菌都需要多項生化反應結果相互驗證才能最終完成鑒定,即使現在的全自動生化鑒定系統鑒定菌株最少也需要4~5h，且全自動生化鑒定系統并不能覆蓋鑒定工作中的所有微生物。
一、那么微生物質譜鑒定是如何實現對微生物進行檢測的呢？
它是通過檢測待測微生物核糖體蛋白的肽質量指紋圖譜，并且將檢測到的圖譜與數據庫中的微生物標準指紋圖譜進行匹配檢索，從而完成微生物鑒定的。
二、有哪些優勢？
相對于傳統鑒定方法，基于質譜的微生物鑒定方法具有鑒定速度快、通量高、準確性高、操作簡單及成本低廉等顯著優勢。
三、對樣本的要求：
待檢樣本必須是經培養基分離后的純化菌落。臨床微生物實驗室常使用商品化培養基，包含哥倫比亞血瓊脂、沙保氏葡萄糖瓊脂培養基等。為了滿足鑒定準確性的要求，須采用如表所示時間新鮮培養的菌株。
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