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ROC液相分析柱的正確使用包含：加裝保護柱，過濾流動相和樣品，凈化樣品，避免過高的柱壓，注意溫度和酸堿度，正確及時的沖洗等。
ROC液相分析柱加保護柱的作用是過濾掉來自流動相和樣品的化學“拉圾”同時也可以有效除去流動相和樣品中的不溶物。盡管現在的色譜儀在流動相吸入口、進樣閥后部以及在色譜柱的兩端都裝有1、2μm等不同孔徑的濾器，但濾器只能除去不溶性顆粒而不能除去化學污染，因此，加裝保護柱是必要的，特別是在分析中藥、中成藥等復雜混合物和生物樣品時更是保護分析柱不可少的措施。
保護柱填料應與分析柱一致，粒徑可較分析柱大。保護柱屬消耗品，經過一定次數的樣品分析(50～100次)后，出現柱壓顯著升高或峰形變壞或基線漂移時，應考慮更換保護柱。
當樣品中含有對色譜柱有損害的化學成分，如產生吸附的蛋白質、糖等有機分子和強吸附性物質，以及可能對柱填料產生破壞作用的基團離子。在進樣前應盡可能對樣品進行分離提純以除去多余雜質組分。
那么，安裝保護柱后會影響樣品分析嗎？其實加上保護柱，是有利于保護色譜柱不受一些顆粒物質的堵塞的，肯定有害于分離度和柱效，因為保護柱中間有著死體積的存在。但是如果保護柱接得好，并且盡量控制其匹配性和經常更換，分離度和柱效應該影響并不大。頭孢類的抗生素也要看到底是原料藥還是制劑嘍，有些原料藥，可以根據色譜柱的損耗選擇添加預柱(中間是個篩板)，制劑的話，如果有輔料嚴重干擾或者流動相鹽分比較大，那還是要配個保護柱。
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