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毛細管電泳儀是根據在電解質溶液中，帶電粒子在高壓電場作用下，以不同的速度定向遷移的現象來達到組分分離的目的。各組分分離后通過檢測器進行檢測，并根據各組分的遷移時間和響應值進行定性、定量分析。電泳的支持物是彈性石英毛細管。儀器主要由高壓電源、進樣器、毛細管柱、檢測器、數據處理系統等幾部分構成。
由于受毛細管內總體積的制約，對于濃度很稀的樣品，毛細管電泳儀不能象HPLC那樣可加大進樣量來提高檢測靈敏度，但可采取一些措施來改善。
1.當樣品緩沖液的電導明顯低于（100倍以上）電泳緩沖液時，毛細管兩端加上電壓后可在樣品區帶前后形成一個更大的電場，使樣品溶液中的分子遷移的更快。當這些分子到達電泳緩沖液邊界時，由于電場減弱，遷移速度減慢，使樣品區帶由寬變窄，濃度提高，而達到濃縮的目的。
2.當樣品緩沖液和電極緩沖液的電導一樣，而樣品濃度較稀，不適合再作稀釋時，可在進樣前先吸入一些水，也能達到濃縮的目的。無論采取何種進樣方式，上述方法都可使樣品堆積濃縮。但由于在堆積區帶電勢陡降，會導致此區帶溫度升高。
3.毛細管插入樣品溶液后，應立即開始進樣操作，完成后迅速移至緩沖液中開始電泳。否則會產生毛細作用和虹吸現象，引起誤差并使譜帶展寬。
4.電極不要和毛細管接觸，樣品貯器和緩沖液貯器液面的高度應保持平衡。
5.使系統盡可能保持恒溫。因溫度直接影響粘度，而影響進樣量的恒定。
6.樣品溶液中的溶劑必須與緩沖液互溶，前者的離子強度應低于后者。
7.防止樣品溶液和緩沖液蒸發、損耗。
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