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共聚焦顯微鏡是一種集激光技術、顯微鏡技術、光度技術、計算機及圖像處理技術、精密的機械技術等多種高技術于一身的大型儀器。其價格昂貴，在使用過程中要特別注意做好保養和管理工作。通常要做到以下幾點：
1、嚴格按照顯微鏡操作規則使用，避免因使用不當造成損壞。
2、為保持良好工作狀態，延長使用壽命，工作環境應保持清潔、干燥、遠離輻射源。顯微鏡每次使用后，要做好清潔工作，及時清潔目鏡、物鏡等容易污染的光學部件。
3、共聚焦顯微鏡系統應設立專門房間，安裝在防震臺上，工作間內要安裝空調，抽濕及防塵裝置。無論儀器是否工作，Z好使其環境始終保持在22℃±1℃的恒溫。
4、注意保護儀器的光纖，防止被擠壓，儀器常用的零配件及專用工具由專門人員負責保管。
5、工作間必須常年保持清潔、衛生，操作人員必須穿拖鞋、工作服。
6、使用者必須培訓合格后，在管理人員的指導下，方可使用。
7、更換鹵素燈時要注意高溫，以免灼傷；注意不要用手直接接觸鹵素燈的玻璃體。
8、關機不使用時，將物鏡通過調焦機構調整到低狀態。
9、共聚焦顯微鏡不使用時，不要立即該蓋防塵罩，待冷卻后再蓋，注意防火。
10、非專業人員不要嘗試擦物鏡及其它光學部件。目鏡可以用脫脂棉簽蘸1:1比例（*：乙醚）混合液體甩干后擦拭，不要用其他液體，以免損傷目鏡。
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