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核酸提取總是出問(wèn)題?別怕,答案在這

來(lái)源:翌圣生物科技(上海)股份有限公司   2022年03月26日 18:36  
核酸提取總是出問(wèn)題?別怕,答案在這


核酸作為一切分子生物學(xué)研究的基礎(chǔ),其提取通常是開啟生物學(xué)研究的第一步,而且提取的核酸質(zhì)量高低也是決定下游實(shí)驗(yàn)成敗的關(guān)鍵因素之一。


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圖片來(lái)源:pixabay


小翌總結(jié)一些現(xiàn)用核酸提取過(guò)程中的常見問(wèn)題。


DNA提取:

1.A260/280比值較低?或者A260/280比值較高?

用水作為洗脫液比較偏低,或者蛋白質(zhì)殘留,但如果操作過(guò)程中使用了苯酚,則更可能是苯酚殘留。而比較高可能是大量RNA殘留,沒有使用RNaseA,或RNaseA活性下降。A260 值提示的含量與電泳檢測(cè)時(shí)提示的含量有可見的誤差則為苯酚殘留。


2.提取的細(xì)菌基因組DNA有降解,為什么?

確認(rèn)選用的培養(yǎng)菌體是否新鮮,如果菌體需要保存時(shí),請(qǐng)于-80℃保存。


起始菌液量過(guò)多,導(dǎo)致菌液裂解不充分,部分DNA降解。


菌體本身富含DNA酶活性,加入Digestion solution后再加20uL0.5M EDTA溶液來(lái)抑制內(nèi)源性核酸酶



3.提取的基因組DNA生物活性差,為什么?


提取的基因組DNA中鹽分濃度過(guò)高,請(qǐng)嚴(yán)格按照說(shuō)明書操作。


提取的基因組DNA中含有乙醇。離心的速度和時(shí)間應(yīng)該嚴(yán)格遵循說(shuō)明書要求進(jìn)行。

4.堿裂解法提取的質(zhì)粒DNA進(jìn)行瓊脂糖電泳進(jìn)行鑒定時(shí),看到的三條帶分別是什么?


堿法抽提得到質(zhì)粒樣品中不含線性DNA,得到的三條帶是以電泳速度的快慢排序的,分別是超螺旋、開環(huán)和復(fù)制中間體(即沒有復(fù)制*的兩個(gè)質(zhì)粒連在了一起)。如果你不小心在溶液II加入后過(guò)度振蕩,會(huì)有第四條帶,這條帶泳動(dòng)得較慢,遠(yuǎn)離這三條帶,是20-100kb的大腸桿菌基因組DNA的片斷。


5. 為什么用酚與氯仿抽提DNA時(shí),還要加少量的異戊醇?


在抽提DNA時(shí),為了混合均勻,必須劇烈振蕩容器數(shù)次,這時(shí)在混合液內(nèi)易產(chǎn)生氣泡,氣泡會(huì)阻止相互間的充分作用。加入異戊醇能降低分子表面張力,所以能減少抽提過(guò)程中的泡沫產(chǎn)生。一般采用氯仿與異戊為24:1之比。也可采用酚、氯仿與異戊醇之比為25:24:1(不必先配制,可在臨用前把一份酚加一份24:1的氯仿與異戊醇即成),同時(shí)異戊醇有助于分相,使離心后的上層水相,中層變性蛋白相以及下層有機(jī)溶劑相維持穩(wěn)定。



RNA提取:


1.凍存細(xì)胞與新鮮細(xì)胞的RNA提取有區(qū)別嗎?具體該怎么操作?

新鮮細(xì)胞與凍存細(xì)胞RNA提取沒什么區(qū)別。千萬(wàn)不能等細(xì)胞溶解了存狀態(tài)把Trizol直接加到凍存管了,一起化開,振蕩振蕩就可以了。與從組織中提RNA 差不多。

2.RNA得率低

  • 該組織或者細(xì)胞中RNA含量偏低:不同細(xì)胞和組織中RNA的豐度不同,如肝臟,胰腺,心臟等是高豐度組織(總RNA含量2-4μg/mg),腦,胚胎,腎臟,肺,胸腺,卵巢等是中豐度組織(總RNA含量0.05-2μg/mg),膀胱,骨,脂肪等是低豐度組織(總RNA含量<0.05μg/mg)。


  • 組織起始量太少或者太多:樣品量過(guò)少,則細(xì)胞組織中RNA含量較低;樣品量過(guò)多則可能超過(guò)裂解液的裂解能力,裂解將不*,從而導(dǎo)致RNA得率低。


3.RNA降解:

  • 提取的材料不新鮮。新鮮組織取得后應(yīng)立即置于液氮中或立即放入RNAstore試劑中,以保證提取效果。


  • 處理樣品量過(guò)大。


  • 污染了RNase。雖然試劑盒中提供的緩沖液都不含RNase,但使用過(guò)程中很容易污染RNase,應(yīng)小心操作。


4.OD260/OD280比值偏低

  • 蛋白質(zhì)污染:確保不要吸入中間層及有機(jī)相。減少起始樣品量,確保裂解*、*。加入氯仿后首先要充分混勻,并且離心分層的離心力和時(shí)間要足夠。如果所得RNA的OD260/OD280比值偏低,則用氯仿重新抽提一次,再沉淀,溶解。


  • 苯酚殘留:確保不要吸入中間層及有機(jī)相。加入氯仿后首先要充分混勻,并且離心分層的離心力和時(shí)間要足夠。


  • 多糖或多酚的殘留:一些特殊的組織和植物中,多糖、多酚含量較多,這些殘留也會(huì)導(dǎo)致OD260/OD280比值偏低。因此,從這類材料中提取RNA時(shí),需要注意多糖、多酚雜質(zhì)的去除。


  • 設(shè)備限制:測(cè)定OD260及OD280數(shù)值時(shí),要使OD260讀數(shù)在0.1-0.5之間。此范圍線性最好。用水稀釋樣品:測(cè)OD值時(shí),對(duì)照及樣品稀釋液請(qǐng)使用10mM Tris,pH7.5。用水作為稀釋液將導(dǎo)致比值偏低。


5.RNA 中有基因組DNA污染


  • 材料中核酸含量高:脾臟、胸腺等組織中的核酸含量較高,可進(jìn)行多次酚 / 氯仿抽。


  • 提以去除多余的 DNA。也可以在提取后加入 DNase I 處理,降解 DNA。


  • 材料過(guò)量:增加試劑用量。


  • RNA 沉淀?xiàng)l件不合適:使用異丙醇沉淀 RNA 時(shí),加入的異丙醇與提取液的比例偏高。


  • 溶液的 pH 值偏小,都容易使 DNA 形成沉淀。



本次的分享就到這里,如果大家在核酸提取過(guò)程中遇到問(wèn)題,歡迎到文章底部留言哦,專業(yè)的技術(shù)人員會(huì)解答您的疑問(wèn)。



小翌還給大家準(zhǔn)備了各種免費(fèi)試用裝,趕緊薅起來(lái)~



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