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手持式超聲波破碎儀工作原理基于超聲波在液體中的空化作用，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭頂部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
為了確保手持式超聲波破碎儀使用的穩定性以及高效性，我們在日常操作的過程中需注意：
1、開機前務必將超聲探頭（超聲波變幅桿）插入樣品，切忌空載。
2、超聲探頭入水深度應在1.5cm，液面高度有30mm以上，探頭應居中放置，不可貼壁。超聲波是垂直縱波，插入太深不容易形成對流，影響破碎效率。
3、按要求設置破碎儀工作參數，比較敏感的樣品（比如細菌）一般外面采用冰浴，實際溫度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不會變性。
1）超聲功率：不宜太大，以免樣品飛濺，如小于10ml樣品容量，功率應在200w以內,選用2mm超聲探頭，另將面板后面的變幅桿選擇開關打到相應擋。
2）容器選擇：應根據樣品量選擇容器，不宜選擇過大的燒杯，如20ml的樣品宜選用20ml的燒杯。這樣可有利于樣品在超聲中對流，提高超聲波破碎效率。
3）工作時間：超聲持續工作時間每次不宜超過5秒，工作間隙時間應大于或等于超聲時間，以便于熱量散發。時間設定應以超聲時間短，超聲次數多原則，可延長破碎儀以及超聲探頭的壽命。
4）若實驗中選用1.5ml的EP管盛放樣品，務必將EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降導致空載在超聲波細胞破碎儀工作完畢后，也應注意將進行清洗保養，可用酒精擦洗探頭或用清水進行清洗。
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