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1.融化。高壓滅菌器在非常高的溫度下運行-這種溫度會熔化某些材料，例如某些塑料。因此，重要的是要確保裝入滅菌器中的所有物品均能安全高壓滅菌。幸運的是，大多數實驗室設備會說出它是高壓滅菌器還是列出熔點。融化的負載可能會損壞消毒器，因此培訓高壓滅菌器用戶要小心他們加載到機器中的內容尤其重要。
2.另一個常見的問題是以蒸發或沸騰形式的液體損失。水的沸騰溫度隨著壓力增加而增加。例如，為了使蒸汽達到121°C（250°F），高壓釜壓力必須增加到14-16 PSI。如果將裝滿水的鋼瓶或燒瓶裝入高壓釜中，并在121°C的溫度下運行，則一旦完成循環，壓力就會釋放，水將開始沸騰。這可能會引起飛濺，這是安全隱患；較小的容器甚至可能爆炸。對于生產肉湯的實驗室來說，蒸發或沸騰是不費吹灰之力的。
3避免此問題的佳方法是運行專門的“液體循環”，以緩慢釋放腔室壓力而不是一次全部釋放腔室壓力。這使液體有時間冷卻，因此釋放壓力時不會達到沸點。所有合并的高壓滅菌器均配有液體循環系統。
4.糖燃燒是高壓滅菌器損壞負載的另一種常見方式。就像液體具有沸點一樣，糖也具有焦糖化點。避免此問題的方法是同時增加滅菌周期的長度并降低溫度。
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