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光譜儀的定量分析是基于熒光X射線的強度。影響儀器射線強度的因素會影響分析的準確性。以下是兩個主要因素：
1、矩陣效應
基質效應包括吸收效應和增強效應。吸收效應包括基板對入射X射線和熒光X射線的吸收。當樣品受到輻射激發時，它不僅作用于樣品表面，而且以相應的厚度滲入樣品中。樣品中的分析元素形成的熒光X射線只能通過相應厚度的樣品發射。在穿透過程中，由于基體元素的吸收，這兩種X射線的強度會減弱，X射線的減弱會影響分析元素的激發效率。
如果光譜儀入射X射線激發基體元素形成波長略短于分析元素吸收邊的熒光X射線，會使分析元素形成二次熒光X射線，進而增強強度分析元素的熒光X射線，是基體的增強作用。如果吸收效應占優勢，則分析結果略低；如果增強效果占優勢，則分析結果較高。
2、效果參差不齊
不均勻效應是指樣品粒徑不均勻性和樣品表面光滑度對熒光X射線強度的影響。對于粉末樣品，大顆粒的吸收強，小顆粒的吸收弱。因此，要求粒徑盡可能小，以減少對X射線的吸收。測量短波X射線時，粒徑應大于250目，測量波長大于0.2nm的長波X射線時，粒徑應大于400目。
固體樣品必須拋光，粉末樣品必須壓實以使表面光滑。粗糙的表面會顯著降低光譜儀熒光X射線的強度。測量短波X射線時，光潔度約為1005m，測量長波X射線時，光潔度為20-50mm。
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