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熒光顯微鏡是以紫外線為光源，用以照射被檢物體，使之發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀及其所在位置。
熒光顯微鏡和普通顯微鏡有以下的區別：
1、照明方式通常為落射式，即光源通過物鏡投射于樣品上；
2、光源為紫外光，波長較短，分辨力高于普通顯微鏡；
3、有兩個特殊的濾光片，光源前的用以濾除可見光，目鏡和物鏡之間的用于濾除紫外線，用以保護人眼。
熒光顯微鏡是免疫熒光細胞化學的基本工具。是由光源、濾板系統和光學系統等主要部件組成。熒光顯微鏡利用一定波長的光激發標本發射熒光，通過物鏡和目鏡系統放大以觀察標本的熒光圖像。細胞中有些物質，如葉綠素等，受紫外線照射后可發熒光；另有一些物質本身雖不能發熒光，但如果用熒光染料或熒光抗體染色后，經紫外線照射亦可發熒光，熒光顯微鏡就是對這類物質進行定性和定量研究的工具之一。
熒光顯微鏡使用方法：
(1)先關閉熒光通道，再打開熒光激發器電源，等待15分鐘。
(2)等待期間，打開顯微鏡光源，找到需要觀察的樣品，選用合適的物鏡，調整焦距。
(3)關閉顯微鏡光源，打開熒光通道。
(4)需要圖片，要把鏡體上的相應拉桿拉到綠線位子。按下相應附件上的照相按扭。
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