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多肽合成儀是指用來合成多肽的儀器，因為多肽合成的步驟很繁瑣，又很耗時，多家公司開發了自動多肽合成儀。
一般分為兩類，一類是針對數量少但合成量大的生產型應用，其反應器轉動方式有別于前兩代的多肽合成儀，即反應器上方相對固定，而下方作圓周360度快速旋轉，帶動反應器里的固液兩相從底部向上作螺旋運動，一直達到反應器的最上方;
另外一類多肽合成儀針對于藥物研發、基因研究等科研性應用，可以同時提供固相合成和膜合成的應用，并能自動幫助客戶進行圖譜篩選同時完成高通量的多肽合成工作。
多肽合成儀以固相合成為反應原理，在密閉的防爆玻璃反應器中使氨基酸按照已知順序(序列，一般從C端-羧基端 向 N端-氨基端)不斷添加、反應、合成，操作最終得到多肽載體。
固相合成法，大大的減輕了每步產品提純的難度。為了防止副反應的發生，參加反應的氨基酸的側鏈都是保護的。羧基端是游離的，并且在反應之前必須活化。
固相合成方法有兩種，即Fmoc和tBoc。由于Fmoc比tBoc存在很多優勢，現在大多采用Fmoc法合成，但對于某些短肽，tBoc因其產率高的優勢仍然被很多企業所采用。
具體合成由下列幾個循環組成：
1) 去保護：Fmoc保護的柱子和單體必須用一種堿性溶劑(piperidine)去 除氨基的保護基團。
2)激活和交聯：下一個氨基酸的羧基被一種活化劑所活化。活化的單體與游離的氨基反應交聯，形成肽鍵。在此步驟使用大量的超濃度試劑驅使反應完成。循環：這兩步反應反復循環直到合成完成。
3) 洗脫和脫保護：多肽從柱上洗脫下來，其保護基團被一種脫保護劑(TFA) 洗脫和脫保護。
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