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離子色譜柱是離子色譜儀的核心部件之一，樣品中各種離子的分離均在色譜柱中完成，并且一般比常規液相色譜柱價格要貴很多。因此，對離子色譜柱的維護保養十分重要。
離子色譜柱是液相色譜的一種，故又稱離子色譜（HPIC）或現代離子色譜，離子色譜儀作為一種常規分析的儀器，已在許多部門使用。根據測定對象的不同，儀器可以有多種配置。現代分析儀器的制造愈來愈精密，要延長儀器的使用壽命，平時對儀器的精心維護是的。
離子色譜柱在一定壓力、流速條件下運行。儀器使用時一定要先檢查整個流動管路中是否有氣泡，如果有，需要先將氣泡排除后再將色譜柱接上，防止將氣泡帶到色譜柱中。因為色譜柱中裝填的樹脂顆粒很小，氣泡進入后將影響樹脂和樣品中離子的交換，同時氣泡也將影響基線的穩定性。將影響基線的穩定性。
離子色譜柱的選擇
1、樣品是極性的且弱酸性的就可以選擇C18在100%酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2、如果樣品極性太強，或酸性太強；可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，HILIC（親水色譜），也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱。缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗。
3、若樣品是堿性的可選擇高純硅膠柱（高純硅膠缺少金屬雜質，且硅膠端基封尾）或一些經過修飾的C18柱（如極性嵌入技術或堿去活技術等），他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留。
4、如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強；可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測，優點是方法開發簡單，缺點是目前實現這一技術的色譜柱品牌比較少，價格也高。或者選用HILIC色譜柱（硅膠柱在反相條件下使用，這也是很經典的檢測堿性樣品的方法）選擇強離子交換柱。缺點是不能用來分析其它樣品，對流動相pH要求比較精密，否則很難重復實驗。也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱。
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