高效液相色譜儀的記錄樣品通過檢測器吸光度變化引起的電信號變化，從而產生色譜圖，終結果取決于后期色譜數據處理系統的數據處理。以下是兩種常用的高效液相色譜儀數據處理方法。光譜處理后可以制作校正曲線。校正曲線是數據處理的重點。它是一個標準，使信息和數據的標準光譜圖處理樣品光譜圖。高效液相色譜儀的校正是通過分析制備的標準樣品來確定計算絕對組分濃度的響應系數的過程。
1.外標法：外標法是在空白樣品中加入一定量的標準物質作為對照樣品，與未知樣品同時進行樣品處理和檢測，并計算出被檢測成分的濃度的定量方法。根據對照品響應值與標準品濃度函數的關系，測定未知試樣中的成分。
2.內標法：內標法是將一定重量的純物質作為內標物加入一定量的被測樣品混合物中，對含有內標物的樣品進行高效液相色譜儀分析，測定峰面積和相對含量。分別測定內標物和受試物的有效校正系數，并按公式計算受試物的含量。
兩種適合的數據處理方法的差別為高效液相色譜儀：內部標準方法是將標準的標準物質作為要求的內部條件，并以合適的操作條件對樣品進行嚴格的試驗和試驗結果的檢驗，但對樣品的精確操作條件和試驗結果的分析必須是嚴格的，而對樣品的內部標準則不需要對樣品進行嚴格的校正。