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蛋白純化系統能夠開展各種常用的純化技術，如親和層析、離子交換層析、脫鹽和緩沖液交換，以及凝膠過濾。因此，這一系統可支持各種蛋白的純化，包括標簽蛋白、抗體、無標簽的或天然蛋白，以及樣品純化。
蛋白純化系統是一種按分子量大小分離物質的層析方法。該方法是把樣品加到充滿著凝膠顆粒的層析柱中，然后用緩沖液洗脫。大分子不能進入凝膠顆粒中的靜止相中，只留在凝膠顆粒之間的流動相中，因此以較快的速度首先流出層析柱，而小分子則能自由出入凝膠顆粒中，并很快在流動相和靜止相之間形成動態平衡，因此就要花費較長的時間流經柱床，從而使不同大小的分子得以分離。
蛋白純化系統純化方式是什么：
1、沉淀。
2、電泳：帶電蛋白質是高于或低于它的等電點，在電場中可被移動到負電極或電場的正電極。支撐有薄膜電泳，電泳等。
3、透析：利用兩個透析袋把大分子進行蛋白質與小分子有機化合物可以分開的方法。
4、層析：離子交換色譜，利用蛋白質的自由性質，特定的PH下，蛋白質的電荷量和性質不同，可以用離子交換色譜分離。陰離子交換色譜，負功率小的蛋白質首先被洗脫。分子篩，也稱為凝膠過濾。細小的蛋白質進入毛孔，并在里面停留很長時間。大的蛋白質不能進入毛孔并直接流出。
5、超速離心：蛋白質純化可用于確定分子量可以用作所述蛋白質。其形成不同密度不同的蛋白質是分離的。
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