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智能集菌儀除菌方法包括：通過電流檢測模塊監測直流驅動電機的實時電流來實時調整蠕動泵泵頭的旋轉線速度，當蠕動泵泵頭處于推送被測液體的狀態時，降低蠕動泵泵頭的旋轉線速度；當蠕動泵泵頭處于空轉狀態時，提升蠕動泵泵頭的旋轉線速度；控制方法的除菌方法；及上述除菌方法在食品、醫藥的制備或檢測中的應用；能夠實現控制收集瓶內壓力的穩定，保證收集瓶內濾膜完整性，防止濾膜出現因壓力脈沖產生的漏損，減少無效檢測的發生，提高檢測效率。
智能集菌儀廣泛用于：制藥行業：純化水、注射用水、無菌制劑（大輸液、小針劑、粉劑、生物制品、血液制品、眼用制劑、保養液等）的無菌檢查和微生物限度檢查；醫療器械行業：純化水、注射用水、注射器、輸液器、輸血器、靜脈導管等的無菌檢查和微生物限度檢查；食品、飲料行業、環保行業的無菌檢查和微生物限度檢查。通過集菌儀的定向蠕動加壓作用，供試品被過濾并在濾器內進行培養，以檢驗供試品是否含菌。
智能集菌儀可供試品通過進樣管道連續被注入集菌培養器中，利用集菌培養器內形成的下壓，通過0.45微米孔徑的濾膜過濾，供試品中可能存在的微生物被截留收集在濾膜上，通過沖洗濾膜除去供試品的抑菌成分。然后把所需培養基通過進樣管道直接注入集菌培養器中，放置規定的溫度培養，觀察是否有長菌現象。智能集菌儀采用一體化不銹鋼機殼設計，通過集菌儀定向蠕動加壓原理，使供試品中微生物截留在濾器中的微孔濾膜（0.22um*47mm或0.45um*47mm上，通過沖洗濾膜除去抑菌成分，然后把所需的培養基通過進樣管道直接引入全封閉過濾集菌培養器中，放置在培養箱內進行無菌培養。
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