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細胞克隆篩選系統是新一代細胞克隆篩選和挑取技術，細胞克隆篩選系統能夠更少時間里，自動化篩選并挑取更高水平表達的細胞克隆，擁有5組熒光通道，可以同時使用3組，細胞克隆篩選系統避免有限稀釋，快速篩選挑取雜交瘤克隆，建立穩定細胞株，干細胞及特殊表面標記細胞挑取及昆蟲細胞篩選挑取。
細胞克隆篩選系統的加藥時間和維持濃度的確定方法：
1，由于基因轉染到細胞內之后要一段時間才能表達出蛋白質。所以篩選不能太早；但是也不能太晚，因為轉染了外源基因的細胞代謝負荷較大，增值較慢，時間長了就會被沒有外源基因轉入的細胞所淹沒，導致篩選不出陽性克隆，一般要在轉染24小時之后才開始加G418篩選。隨著細胞的代謝G418的濃度和活性都回下降，所以每3~5天都要更換一次含有G418的篩選液。這時藥物濃度可以降至200ug/ml。
2，加抗生素的時機，主要是考慮插入到細胞基因組的抗性基因是否已經得到表達。一般是轉染48小時后加入抗生素。挑出單克隆后就可以用維持濃度，一般是篩選濃度的1/2。關于維持濃度，有人說細胞會出現對抗生素的抗性，應不斷提高其濃度。而且，如果你要挑選到幾個陽性克隆中較高表達的克隆的話，可以調整抗生素的濃度。當然，抗性基因高表達，目的基因不一定就跟著高表達。
細胞克隆篩選系統的有限稀釋法是目前常用的一種常規方法，這種方法篩選細胞的好處就是基本上不會傷害細胞。整個過程中細胞所經歷的，也僅僅是在移液槍頭中的短暫停留，因此幾乎是零損傷。不過，這種方法的弊端也是顯而易見，就是效率問題。
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