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共聚焦顯微鏡比寬場顯微鏡具有更多的優勢，共聚焦顯微鏡可以對樣品做連續光學切片并排除非焦平面的信號干擾，為此共聚焦顯微鏡的應用也的確更為普遍。不過市面上各種各樣的共聚焦顯微鏡越來越多，要如何進行選擇呢？在選擇共聚焦顯微鏡時，基本也重要的考慮因素主要有兩點：您想要研究的樣本類型（如：固定的細胞還是活細胞），以及您想要進行的檢測類型（如：靜態還是動態細胞過程）。
一、固定細胞的共聚焦成像
要對固定且染色了的細胞或組織成像，我們一般選擇激光掃描共聚焦（LSCM）。這主要是因為固定的死細胞缺乏活細胞中的快速生物學事件，能更好的受益于LSCM較高的空間分辨率。LSCM成像是通過激光對樣品進行光學層切，掃描速度（取決于掃描陣鏡速度）一般為1fps。曝光時間越長意味著光漂白的風險越大，但對于固定的死細胞，時間并不是很關鍵，我們可以通過拍多張圖片來平均。
二、活細胞的共聚焦成像
成像活細胞需要額外的保護，以免不友好環境的干擾。在成像時，我們首先需要考慮的是保持細胞的活性和健康，恒溫加熱元件和灌流系統是的，尤其對于進行time-lapse（時間序列）的研究來說。控制活細胞生理狀態的快速生化事件是大多數人想要研究的，但這些事件對于傳統LSCM來說太快了。此外，LSCM的長時間曝光還會引發毒性光照損傷細胞。因此，對活細胞進行成像會需要特殊的共聚焦顯微鏡。
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