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ultra液相色譜柱的選擇直接影響了分離效果的好壞，選擇合適的色譜柱可以縮短方法開發所需的時間，并且使方法更具穩定性。但是現在市場上色譜柱種類繁多，不同類型的色譜柱分離對象不同，因此，要做合適的選擇，要對此有一定的認識和了解。
ultra液相色譜柱是色譜分析過程中重要的部分，相當于人體的“心臟”。根據自己要分析的樣品去選擇合適的液相色譜柱，需要考慮不同參數將會造成什么影響，比如粒徑、酸堿性、極性和分子量大小等。
即使是液相色譜柱也分很多類型，比如正相、反相、C18柱、親水性色譜柱等等。只有了解影響分析柱性能的因素，才能結合目標分析物的性質、需要達到的分析效果及實驗室條件來選擇適合的色譜柱。
在設定選擇樣品分析的HPLC方法時，首先需要根據化合物的分子量大小，極性大小等因素選擇合適的分離模式，在適當的分離模式下去選擇合適的色譜柱及流動相。
柱效率與柱半徑平方成反比，內徑越小柱效越高，但內徑越大，柱容量也增加，允許進樣量就越多。當進樣量超過柱容量時，則因柱內每塊理論板內不能建立平衡，將會導致色譜蜂畸變，柱分辨率降低，重現性不好。
因此對于復雜樣品需要準確分離，要使用小內徑柱子。另一方面若樣品中存在具有很不相同濃度組份化合物，為了增加樣品容量就要使用內徑大的柱子，目前實驗室使用常見的柱子內徑一般是4.6mm。
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