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實時熒光定量PCR擴增主要是做一些簡單的、對單一退火溫度的目的基因進行擴增。一次PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（溫度梯度），通常為12種溫度梯度的普通PCR儀。
PCR技術的本質是體外核酸擴增，加熱使雙鏈DNA解開螺旋，在退火溫度條件下引物同模板DNA雜交，在TaqDNA聚合酶，dNTPs，Mg2＋和合適pH緩沖液存在條件下延伸引物，重復“變性→退火→引物延伸”過程至25～40個循環，呈指數級擴大待測樣本中的核酸拷貝數。
實時熒光定量PCR擴增將具有細胞定位能力的原位雜交技術運用于從細胞內靶DNA的定位分析，在細胞內實現基因擴增的普通PCR儀。PCR擴增時加入的引物利用熒光素進行標記，使引物和熒光探針同時與模板進行特異性結合，擴增結果通過熒光信號采集系統實時采集信號并輸送到計算機分析處理系統，實時輸出量化結果，這樣的PCR儀叫實時熒光定量PCR儀。
PCR也叫基因擴增儀，主要用于用于科研及醫學臨床的基因擴增、定性PCR基因擴增、熒光／酶免終點定量DNA基因擴增、基因芯片等其他基因分析應用的基因擴增等。基因擴增儀適合國內外各種PCR試劑盒傳染病類、腫瘤類、科研類。進口基因擴增儀主要由外殼、變溫反應腔、散熱系統、加熱系統、制冷系統、電子控制系統、供電系統、人機界面等各部分組成。
常見故障：
1、個別孔擴增效率差異很大，可能的原因是半導體模塊出現壞點；
2、儀器工作時出現噪音；
3、熒光染料污染樣品孔；
4、熒光強度減弱或不穩定，產生的原因有濾光片發霉或有水汽，或光源損耗（以鹵鎢燈為光源的），需更換光源；或需調節檢測元件靈敏度；
5、PCR管融化，原因可能是溫度傳感器出問題或是熱蓋出問題。
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