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雙目生物顯微鏡的作用在放大。接目鏡位于鏡身之接目鏡位于鏡身之上部，與檢查者之眼睛最為接近，系在屬制鏡筒內，填裝2個透鏡而成。其長度與顯微鏡之放大率之大小，而有長短之別，放大率小者較長，大者較短。
雙目生物顯微鏡亮度調整的調整是整個試驗成敗的關鍵，大致可分為這幾個步驟：
調整聚光鏡升降手輪。將聚光鏡調至適當位置，再調可變光欄改變其孔徑以便在的光線照明下觀測物象，根據光源的情況和觀測的需要選用淡黃、淡綠、淡藍濾色片和毛玻片。濾光片可裝到可變光欄下部的托架上，如用低倍物鏡觀測液體或用高倍物鏡觀測明亮的標本，觀測者感到光線太強時可將毛玻片裝上以便獲得較暗的光線。
調整橫向和縱向移動手輪和使載物臺同標本作前后、左右移動，將所需觀測的標本移至視場中心觀測，然后轉動物鏡轉換器，換用高倍物鏡或油浸物鏡進行觀測。用油浸物鏡觀測時，需加注香柏油于標本需觀測處的蓋玻片與物鏡前鏡片之間，但不要讓物鏡碰到標本，此時觀測者仍可看到物體的像，再調整微調手輪，即可見到清晰的像。使用完畢只需轉動粗動手輪將載物臺下降到底。
集光鏡的裝卸和光源調整方法：使用人工光源時，將集光鏡座上的定位銷對準底座上的缺口，把集光鏡插進底座并順時針旋轉使其固緊，然后將顯微鏡稍微抬起，松開底座下的調整螺釘，把燈絲象調整到視場中心，再將調整螺釘擰緊，以便在最佳照明下進行觀測。
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