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一、按來源可以分為：
1.天然染色劑：主要是蘇木素，胭脂紅，地衣紅，番紅花。
2.合成染色劑：是從煤焦油中提取的苯衍生物。在生物染色中還使用一些無機化合物，如硝酸銀，氯化金，磺，鋨酸，高錳酸鉀等。
二、按主要用途分為：
1.胞核染色劑：蘇木素，胭脂紅，甲苯胺藍，美藍，孔雀綠等。
2.胞漿染色劑：伊紅，淡綠，橘黃G,酸性品紅等。
3.脂質染色劑：蘇丹Ⅲ，蘇丹Ⅳ，蘇丹黑，硫酸尼羅藍及油紅等。
三、按染色劑分子中的發色團可分為九類：
1.亞硝基類：發色團為亞硝基(-NO)如萘酚緣-B。
2.硝基染料：發色團是硝基(-NO2)。
3.偶氮類：發色團為偶氮基(-N=N-)屬于這一類的染色劑的橘黃G,剛果紅,俾士麥棕和許多蘇丹類的脂質染色劑。
4.醌亞胺類：這類染料含有兩個發色團，一個是印胺基(-N=)，一個是醌型苯環，如硫堇，美藍，甲苯胺藍O,硫酸尼羅藍,中性紅,堿性藏紅花O，焦油紫等。
5.苯甲烷染料：發色團是醌型苯環，如孔雀緣，淺綠，堿性品紅，酸性品紅，結晶紫，甲基緣等。
6.山叮染料：發色團是醌型苯環，如派羅寧，伊紅Y等。
7.蒽醌染料：此類染色劑含有色原蒽醌，如茜素和胭脂蟲酸。
8.噻唑類。
9.喹啉類。
8，9類染色劑使用極少。
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