殼聚糖酶的應用與其自身的性質密切相關。殼聚糖酶的應用也是多種多樣的，主要研究在以下幾個方面:
真菌原生質體的制備：
殼聚糖酶專門降解殼聚糖。有些研究者利用殼聚糖酶生產真菌原生質體，直接用于菌株的遺傳雜交實驗，特別是對那些以殼聚糖為原料的接合菌細胞壁更有效。
抑制植物致病菌：
大多數真菌細胞壁的主要成分是殼聚糖。研究發現，殼聚糖酶可以降解植物病原真菌的細胞壁，分析病原真菌的細胞壁組成，推測某些真菌對植物病害的致病機理。進一步有效防治病原菌，提高農作物特別是一些經濟作物的產量。
殼寡糖的制備：
殼聚糖酶的另一個主要應用是降解殼聚糖，生產具有很大經濟效益和聚合比的殼聚糖寡糖。殼聚糖寡糖不僅具有水溶性好、易吸收等優點。具有抗菌、抑菌、調節機體免疫、抗癌等功效。在功能食品、保健藥品等行業有著廣泛的應用。由于殼聚糖的穩定性限制了殼聚糖酶的大規模應用，因此對殼聚糖酶的應用研究主要圍繞兩方面展開，一是提高殼聚糖酶本身的催化活性，二是提高殼聚糖酶的穩定性。提高殼聚糖酶催化活性主要包括菌株的改良和殼聚糖重組酶的構建。殼聚糖酶穩定性的研究主要是利用固定化技術對殼聚糖酶進行固定化。