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多功能微孔板檢測儀光源燈發出的光線經過濾光片或單色器后，成為一束單色光束。該單色光束經過塑料微孔板中的待測標本，被標本吸收掉一部分后，到達光電檢測器。光電檢測器將投射到其上面的光信號的強弱變成電信號的大小。此電信號經前置放大、對數放大、模數轉換等模擬信號處理后，送入微處理器進行數據處理和計算。最后由顯示器和打印機將測試結果顯示、打印出來。
由酶聯免疫吸附實驗法可知，多功能微孔板檢測儀是應用比色法來分析抗原或抗體的含量，對照比色原理進行工作。實際上，它是一臺變相的光電比色計或分光光度計，其基本工作原理與主要結構和光電比色計幾乎相同。
多功能微孔板檢測儀的性能特點：
1.久經考驗的可靠性能，源于內置的自我診斷程序。在儀器的啟動階段，內置的自診斷程序會對包括微孔板的位置、光路部件的穩定性(光源、濾光片)等多方面的性能做全面的檢測。
2.大屏幕的彩色液晶顯示和操作鍵盤，易于使用。3個常用的快捷鍵可用于儲存3個常用的程序。數據和程序可保存在儀器內，也可通過儀器自帶的USB接口，儲存在U盤上。
3.功能強大的內部軟件，有包括中文在內的多種界面語言可選。功能包括：設置微孔板布局(包括空白、標準品、待測樣品、質控品等)，顯示檢測結果，進行數據處理(包括動力學分析，數據預處理，曲線擬合，數據分類，質控等)。此外，FC也可以使用功能強大的SkanIt軟件進行儀器的控制和數據結果的處理。
4.多功能微孔板檢測儀標配振蕩器，可選配孵育器，可滿足對檢測溫度有嚴格要求的實驗需求。
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