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1 放射自顯影期間膜對膠片的曝光時間不足。
2 核酸轉移或結合在尼龍膜上的效率低
3 目標序列以非常低的拷貝數存在。增加加載到凝膠上的樣品量。
4 沒有足夠數量的探針序列，增加探針的濃度或加入10%硫酸葡聚糖，這樣減少了溶劑體積，可以到到相同的效果。
5 沒有探針同源性。
6 雙鏈DNA探針未變性，或者，探針檢測儀性能下降。在使用RNA探針時發生可能更大。
7 探針的比活性太低。考慮諸如標記反應中的探針濃度、放射性標記的三磷酸鹽的半衰期等因素。
8 雜交和/或洗滌過程中試驗方法不佳：
1）增加鹽的濃度。
2）降低溫度。
3）降低SDS的濃度。
4）減少清洗時間。
5）雜交時間太短。
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