1.吸光度：乙腈HPLC吸收最小（特別是在短波長上小）。所謂HPLC級是除去具有吸收UV的雜質，在規定的波長上吸光度限制在規格值以內。在UV檢測時，產生的噪聲小，因此在進行UV短波長上的高靈敏度分析時乙腈HPLC級最適宜。另外，在UV檢測中的梯度基線上也是乙腈HPLC級產生鬼峰少，雖然，其他與水相溶性高的有機溶劑有各種各樣，但很難能找到比乙腈HPLC級吸收更小的。

2.壓力：乙腈低。根據有機溶劑的種類或混合比率的不同而異,水/乙腈,水/甲醇混合液的比率與輸液壓力的關系中,甲醇與水混合,壓力增高,而乙腈同樣與水混合且并不如此。所以,乙腈一方,在同樣的流速下不在柱內加上多余的壓力。從上述兩項,可以確認使用乙腈的意義,那么,甲醇除了價格以外,還有沒有其化優點呢?

3.洗脫能力：一般而言,乙腈較強。乙腈和甲醇分別用同樣的比率與水混合時,一般情況下,乙腈的洗脫能力強.特別是混合比率低時,從咖啡和苯酚的洗脫來看,獲得同樣的保留時間,乙腈的比率,只需甲醇的比率的一半以下即可.另一方面,有機溶劑100%或與此極接近時,從胡蘿卜素和膽甾醇來看,常常都是甲醇的洗脫能力強.混合比在50比1等較為特殊時,調制的誤差大,影響保留時間,或平衡化的時間長,乙腈遇到這種情況時,用甲醇的10比1混合代替乙腈,這樣操作方便些。溶劑受溫度影響時,不采用容器定量,而采用重量的方法(考慮比重),可使混合比的誤差減小。

4.分離(洗脫)的選擇性.兩者的差異：乙腈和甲醇在分離的選擇性上不同。由于有機溶劑分子的化學性質(甲醇和乙醇是質子性,乙腈和四氫呋喃是非質子性)不同所致。因此,在用乙腈類不能獲得分離的選擇性,就試用甲醇類看看。