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生物芯片檢測儀是由生物芯片和試劑，雜交、掃描儀器，數據處理和分析工具組成的一整套檢測設備。
生物芯片是通過微機械加工和微電子技術在固相基質表面構建的微型生物化學分析系統，可以對蛋白質、細胞、核酸以及其他生物分子進行準確、快速、高通量的檢測。
生物芯片的種類有很多，其檢測系統的組成和結構不一定都相同。基因芯片是臨床應用最為廣泛的生物芯片，主要用于遺傳性疾病的基因診斷(如耳聾基因的檢測)、病原微生物的鑒定(如結核桿菌的檢測和基因分型)、微生物耐藥性檢測等。下面以基因芯片檢測系統為例介紹生物芯片檢測系統的組成和基本結構 。
生物芯片檢測儀主要由雜交儀、孵育箱、芯片掃描儀、條碼閱讀器和計算機工作站組成。
1.條碼閱讀器
條碼閱讀器可以識別芯片和樣本管上的條碼信息，將患者信息和芯片信息輸入計算機工作站，然后依次進行雜交、沖洗、染色、成像和信號分析，整個過程由計算機工作站按測序流程自動進行。
2.雜交儀
雜交儀可以自動完成加樣和雜交過程，每4張芯片裝載于一個芯片條上，雜交儀上有4個芯片槽，可以加入不同的芯片條。每次反應可完成4個項目、16個樣本的檢測。操作人員可以通過雜交儀控制面板設置每個芯片條的反應溫度和時間，并通過計算機工作站實時監控反應進程。如圖所示。
3.孵育箱
孵育箱由移板機械臂、芯片條雜交盤、沖洗色平盤、沖洗盤B、成像盤等部件構成。沖洗樣本雜交完成后，沖洗和染色工作在孵育箱內完成。芯片置于芯片條雜交盤上，根據設定的程序，由移板機械臂將芯片依次轉移至沖洗/染色盤、沖洗盤B進行沖洗和染色，反應的溫度和時間由計算機工作站控制。反應結束后芯片條由移板機械臂轉移至成像盤上。如圖所示。
4.芯片掃描儀
染色結束后，芯片通過芯片掃描儀對熒光信號進行檢測，采集到的熒光信號通過計算機工作站的軟件分析形成圖譜和檢測報告。芯片掃描儀采用激光共聚焦原理檢測熒光信號，分辨率達到2μm，在1h內可完成4張芯片的分析。
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