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在選用色譜柱時，應充分考慮所分析樣品的極性大小、化合物的種類數量、結構特征。根據化合物的性質，選擇合適的色譜柱和分析條件。不同類型的色譜柱使用的流動相不同，使用錯誤的流動相會降低柱效，損傷柱子。如分析極性較大的多糖類成分，應當采用親水性的反相填料。對于*次使用的色譜柱，還應按照廠家的出廠說明對色譜柱進行低流速的沖洗活化，活化后的色譜填料共價鍵鍵合力增強，柱效提高，壽命延長。
在使用液相色譜C18儀柱過程中，須注意以下事項：
1、新C18色譜柱在使用前，須先用甲醇或乙腈試劑以20倍柱體積低流速沖洗，作用是使固定相能充分潤濕、碳鏈舒展，使色譜柱的性能達到好狀態。具體操作是，將配制好65%的乙腈/水沖洗后，把色譜柱進口端連接在色譜儀上，出口端放空（不可連上檢測器，以免污染了檢測器），以0.1ml/min~0.5ml/min的低流速將色譜柱中的清稀溶液吹干，過20分鐘后再接上檢測器，以1.0ml/min的流速，繼續沖洗2~8小時；
2、液相色譜儀檢測分析樣品完畢后，須沖洗色譜柱。尤其是流動相中含有酸或鹽時，需將色譜柱中的酸或鹽沖洗干凈，通常建議用10%甲醇水沖洗20倍柱體積；
3、若色譜柱處于長期閑置狀態時，要將色譜柱沖洗，建議沖洗3-4小時以上，后保存在純有機試劑或高比例的有機試劑溶液（如90%甲醇水）中；
4、由于C18柱的固定相疏水性較強，在使用過程中盡量不要使用高水相條件，若水相比例過高易引起固定相疏水塌陷，引起柱效迅速下降，甚至造成不可逆的負面影響；由于碳載量高，表現尤為明顯，建議使用過程中水相比例不超過90%；
5、色譜柱壓力升高、柱性能下降：通常為色譜柱被污染，對色譜柱進行再生處理可恢復部分柱效；
6、色譜柱壓力驟升：通常由鹽析出或篩板堵塞引起，若是鹽析出，用10%甲醇水低流速沖?洗至壓力恢復即可；若判斷并非鹽析出，以純甲醇或10%甲醇水為流動相反沖色譜柱（將色譜柱反接，不接檢測器），若反沖半小時仍無效果則說明反沖無效，需尋找其他原因。
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