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紅外顯微鏡隨著計算機技術和多媒體圖視功能的運用得以迅速發展，其應用的領域也越來越廣泛。目前，紅外顯微鏡已經運用到微生物學、材料學、營養飼料學、生物醫學、法庭科學以及農產品質量檢測等研究中。今天我們就詳細了解前三個！
1、微生物學中的應用：
由于人類念珠菌病與念珠菌屬酵母菌多樣性的不斷增加，因此對其早期的識別和診斷是*的，紅外顯微鏡的使用，有利于降低與念珠菌感染相關的發病率和死亡率。
2、材料學中的應用：
雖然各種材料有其固定的表面形態，但其內部組成不同、所含特征基團不同，引起紅外光譜的特征不同。因此，通過峰位、峰強度進行特征峰的指認和歸屬，可將各種不同的材料區分開來。
紅外顯微鏡在材料學檢測中有*的優勢，其應用也非常廣泛，但目前還處在一個低層次應用階段。目前紡織纖維多組分分析、紡織品中有害金屬的鑒定以及材料中的各種添加劑的檢測都無法進行，這主要是由于紅外顯微鏡的放大倍數和分辨率不夠高等原因導致的，限制了紅外顯微成像技術的應用。相信隨著紅外顯微鏡的不斷普及、性能的提高及化學計量學的發展，紅外顯微成像技術必將在材料學檢測分析中得到更加充分的應用。
3、營養飼料學中的應用：
紅外顯微鏡能夠對飼料組織的分子化學結構進行細胞水平或亞細胞水平上的研究，從而分析飼料固有的微觀結構和不同飼料原料或同一飼料不同結構之間的化學結構信息。
紅外顯微鏡能夠快速無損地探索在飼料組織細胞內的微觀分子化學結構，辨別并分類飼料內在的蛋白質結構，區分飼料品種之間的微觀結構差異。但現階段只是對蛋白質的二級結構做了相對的比較而并非對其含量做了準確的測定。隨著紅外顯微成像技術的成熟，有必要對此進行深入的研究。進一步量化不同種類飼料如大麥、燕麥和小麥等蛋白質二級結構以及同一種類不同蛋白質二級結構之間與質量、消化行為等的關系。
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