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深部輸精管壺腹的壁較輸精管薄，內腔亦大，長約3-4厘米，粗直徑可達7-8毫米。在膀胱底部兩側的輸精管壺腹在左右精囊間并列接近，壺腹的末端變細，在前列腺上緣與精囊的排出管匯合而成射精管。輸精管外徑在2毫米左右，管內腔直徑細小不及1毫米。
管壁厚而肌層發達，輸精管管腔及其壺腹內也是貯存精子的場所，性高潮射精時，輸精管有強烈的節律性收縮以軀動管內的精子排出。輸精管堅韌如繩索，在腹股溝管和外環以下的精索內，隔著陰囊壁可自行摸到。常用的男性絕育方法，即在此段做輸精管阻斷術以達到控制生育的目的。輸精管阻斷后，僅是精液內無精子，生活中仍有性高潮和射精活動。
深部輸精管是連接附睪管和射精管的、成熟精子的排出通道，左右各一，每管長約40-50厘米，管壁較厚，肌層比較發達，而管腔細小。輸精管行程較長，按照其行經的部位可分為4部分：
1)睪丸部：是輸精管的起始部，靠近睪丸后緣，為精索靜脈從所包圍自附睪尾端，沿睪丸后緣上行至睪丸上端。
2)精索部：介于睪丸上端和腹股溝管皮下環之間。輸精管位于精索內各結構的后方，此段位于皮下，常為結扎輸精管的部位。
3)腹股溝部：位于腹股溝管內。
4)盆部：為輸精管在經過腹股溝后行于盆腔的部分，此段長。它從腹股溝的腹側環彎向內下，經輸尿管末端前上方至膀胱底的后面。在此，兩側輸精管逐漸接近，并均膨大成輸精管壺腹。
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