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活塞流反應器體積小，傳質傳熱速率快，能及時移走強放熱化學反應產生的大量熱量。微反應器微米級的通道尺寸小于火焰傳播臨界直徑，因而微反應能有效地抑制氣相自由基支鏈爆炸反應。研究表明，對于反應物或總價產物有毒有害的化學反化，由于微反應器數量眾多，即使發生泄漏也只是少部分微反應器，而單個微反應器的體積非常小，泄漏量非常小，不會對周圍環境和人體健康造成危害。例如Prakash等研究了腈和氮化鈉合成四氮唑的反應，這個反應會產生一種劇毒化含物疊氮酸。在微反應條件下可有效處理產生的疊氮酸，避免疊氮酸的積累，提高可反應的安全性。
活塞流反應器(Plug Flow Reactor)是一種高效的化工反應裝置，又稱管式反應器或平推流反應器，與傳統釜式反應器(Stirmed Tank Reactor)相比，其具有更大的長徑比(L/D>50)，物料由反應管的一端進入，一邊流動一邊反應，從管的另一端引出時已達到預定的轉化率。其特點是沿著物料的流動方向，物料的濃度不斷變化，而垂直于物料流動方向的任何截面上，物料的所有參數如溫度、濃度、壓力、流速都相同。因此，反應器中沒有返混現象，反應速度較快，過程連續穩定，容易實現自動控制，非常適合于均相反應過程。
原料油經活塞流反應器酯交換后，先通過蒸餾(小于100℃)的方法回收反應中過量的甲醇，再將反應液靜置分層，取上層粗甲酯用少量水洗掉其中殘留的催化劑和皂等微量雜質，進行減壓蒸餾精制，即得到生物柴油產品。對下層粗甘油的處理可首先利用活性炭進行脫色，再將其以一定流速通過離子交換樹脂，去除其中殘存陰陽離子，再進行減壓蒸餾，即可得到無色透明、高純度(99%以上)的精制甘油。
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