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臺式掃描電鏡觀察樣品要求在高真空中進行。無論是水或脫水溶液，在高真空中都會產生劇烈地汽化，不僅影響真空度、污染樣品，還會破壞樣品的微細結構。因此，樣品在用電鏡觀察之前要進行干燥。干燥的方法有以下幾種：
1、冷凍干燥法
冷凍干燥法是將經過冷凍的樣品置于高真空中，通過升華除去樣品中的水分或脫水劑的過程。冷凍干燥的基礎是冰從樣品中升華，即水分從固態直接轉化為氣態，不經過中間的液態，不存在氣相和液相之間的表面張力對樣品的作用，從而減輕在干燥過程中對樣品的損傷。
2、臨界點干燥法
臨界點干燥法是利用物質在臨界狀態時，其表面張力等于零的特性，使樣品的液體*汽化，并以氣體方式排掉，來達到*干燥的目的。這樣就可以避免表面張力的影響，較好地保存樣品的微細結構。此法操作較為方便，所用的時間也不算長，一般約2~3小時即可完成，所以是常用的干燥方法。
3、空氣干燥法
空氣干燥法又稱自然干燥法，就是將經過脫水的樣品，讓其暴露在空氣中使脫水劑逐漸揮發干燥。這種方法的優點是簡便易行和節省時間；它的主要缺點是在干燥過程中，組織會由于脫水劑揮發時表面張力的作用而產生收縮變形。因此，該方法一般只適用于表面較為堅硬的樣品。
臺式掃描電鏡對樣品的導電處理：
生物樣品經過脫水、干燥處理后，其表面不帶電，導電性能也差。用掃描電鏡觀察時，當入射電子束打到樣品上，會在樣品表面產生電荷的積累，形成充電和放電效應，影響對圖象的觀察和拍照記錄。因此在觀察之前要進行導電處理，使樣品表面導電。常用的導電方法有以下幾種：
1、組織導電法
用金屬鍍膜法使樣品表面導電，需要特殊的設備，操作比較復雜，同時對樣品有一定程度的損傷。為了克服這些不足，有人采用組織導電法（又稱導電染色法），即利用某些金屬溶液對生物樣品中的蛋白質？脂類和醣類等成分的結合作用，使樣品表面離子化或產生導電性能好的金屬鹽類化合物，從而提高樣品耐受電子束轟擊的能力和導電率。
2、金屬鍍膜法
金屬鍍膜法是采用特殊裝置將電阻率小的金屬，如金、鉑、鈀等蒸發后覆蓋在樣品表面的方法。樣品鍍以金屬膜后，不僅可以防止充電、放電效應，還可以減少電子束對樣品的損傷作用，增加二次電子的產生率，獲得良好的圖象。
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